В налоговом учете суммы восстановленного НДС отражаются в прочих расходах, связанных с производством и реализацией (письмо Минфина от 23.06.2010 № 03-07-11/265, подп. 2 п. 3 ст. 170, пп. 7, 9 ст. 171 НК РФ), но за некоторым исключением: при передаче ТАИ в виде вклада в УК либо при восстановлении НДС с предоплаты/аванса НДС в расходы не берется, так как в первом случае принимающая сторона может принять его к вычету (при правильном оформлении первички), а во втором организация не несет изначально никаких расходов и в дальнейшем примет НДС к возмещению.